Compete à Diretoria de Operações cumprir e fazer cumprir o Estatuto Social e o Regimento Interno, responsabilizando-se pela coordenação e supervisão das atividades técnicas e operacionais da RMTC. Cabe ainda a este departamento, supervisionar a área interna de planejamento, os controles de custos e a elaboração de estatísticas, relativamente aos sistemas de transportes de passageiros sob gerenciamento da CMTC.
Gerência de Planejamento de Transportes (GPT)
Gerência encarregada de planejar a criação, implantação e extensão de linhas do transporte coletivo da RMTC. Quando solicitado à CMTC, os técnicos também realizam plano de desvio de trajeto de ônibus para atender eventos. O departamento é responsável pela criação de Pontos de Embarque e Desembarque (PED), análise de pedidos remoção e transferência de abrigos instalados e pinturas provisórias em locais de parada de ônibus. A GPT faz atendimento de solicitações da sociedade civil organizada via reuniões com representantes de segmentos.
Gerência de Programação Operacional (GPO)
Departamento técnico responsável pela elaboração das planilhas horárias da RMTC com análise das demandas via pesquisa em terminais e PEDs. Por meio de ofício, o setor responde as solicitações da sociedade civil organizada, incluindo prefeitos de cidades integradas à RMTC. Funciona como suporte à ouvidoria da CMTC, respondendo questionamentos sobre a operação. A Gerência de Programação Operacional também atende questionamentos do Ministério Público de Goiás.